Датой образования Института экологии Академии наук Абхазии (ИЭ АНА) считается 1 октября 1948 года. В этот день первый экспедиционный отряд Акустической лаборатории ФИАН, при содействии Командующего Черноморским Флотом адмирала Октябрьского С.Ф., высадился на территории Сухумского мыса.
История ИЭ АНА начинается немного ранее. В 1944 году Акустической лаборатории Физического института АН СССР (ФИАН) было поручено проведение исследований по возможности улучшения параметров гидролокационной техники в ультразвуковой области частот. Цель таких измерений может быть различная: от обнаружения подводного объекта до исследования рельефа дна океана, увеличения дальности обнаружения и точности целеуказания кораблей и подводных лодок противника. Претворение этой идеи в жизнь осуществил д.т.н.. профессор Ю.М.Сухаревский.

В 1953 году ВМФ передал участок земли площадью в 2 гектара для Сухумской морской экспедиции АН СССР. К тому времени Акустическая лаборатория была преобразована в Акустический институт АН СССР, а на базе морской экспедиции в 1954 году была организована Сухумская научная морская станция Акустического института АН СССР (СНМС). К 1955 году была построена лаборатория на сваях, заканчивалось строительство трех лабораторных корпусов, бассейна морской воды, на плаву были два научно-исследовательских судна. Экспериментальная база позволяла проводить широкий круг исследований. Изучать, например, особенности распространения, рассеяние и поглощение звука в морской воде, отражение звука от противогидролокационных покрытий, обработку гидроакустической информации. Гидроакустические характеристики моря в районе Сухумского мыса практически моделируют Мировой океан, только в масштабе 1:6. Причем в течение года гидрофизические условия изменяются (термоклин, галоклин и др.). У дна там крутой уклон, большая глубина (более 200 м) недалеко от берега. Побережье Абхазии не имеет по этому критерию конкурентов не только на Чёрном море, но и в других районах страны, обеспечивая возможность круглогодичных исследований при условиях, имитирующих признаки северо-западной части Тихого океана. Здесь же расположены протяженные участки плоского дна и мелководные участки, имитирующие условия Северных морей, имевших для страны важное стратегическое значение.

Это очень удобно для прокладки кабеля и установки приемно-излучающих акустических систем. Это привело ученых-физиков к идее создания              собственной, академической стационарной гидроакустической экспериментальной базы – научной морской станции, основной      задачей которой было исследование законов формирования звуковых полей в океане.

В то время в лабораториях начинали работать В.И.Ильичев (позднее академик АН СССР), Е.П.Мастеров, Г.И.Толстобров, Э.П.Гулин, В.М. Матангин, К.И.Малышев и многие другие. С момента образования института в нем работали выдающиеся океанологи, гидрофизики, специалисты по биоакустике, изобретатели сложных гидроакустических и подводных комплексов. Директорами института были многие известные ученые.

В середине шестидесятых годов в разработках института появились новые направления. Например, исследования по применению в гидролокации взрывных источников звука, исследования по рыбопромысловой гидроакустике и гидробионике, исследования физической природы шумов моря, океанологии. Участвуя в научно-исследовательских экспедициях на специальных судах, сотрудники института имели возможность ставить эксперименты по вопросам дальнего распространения звука, шумоизлучения транспортных средств. 

Основными направлениями исследований института являлись:
- улучшение параметров гидролокационной техники, стоящей на вооружении ВМФ;
-увеличение дальности обнаружения и точности целеуказания кораблей и подводных лодок потенциального      противника;
- исследования отражения звука от надводных кораблей и подводных лодок и их кильватерных струй;
- исследования эффекта подводного звукового канала в условиях Черного моря;
- исследования дальних зон акустической освещенности;
- исследования по снижению шумности и отражательной способности кораблей и подводных лодок;
-исследования в области классификации морских целей;
-исследования по рыболокации;
-исследования по пассивной гидролокации;
-разработки стационарных гидроакустических систем и комплексов освещения подводной обстановки;
- метрологическая аттестация стационарных гидроакустических систем и акваторий их установки.

Институт стал постоянной экспериментальной базой для родственных предприятий Союза, сотрудники которых ежегодно приезжали в экспедиции для работы на институтском морском полигоне и на Чёрном море.

В 1967 году Сухумская научная морская станция была преобразована в Сухумский филиал Акустического института (СФАИ). Большая заслуга в создании филиала принадлежит академику Ильичеву В.И. В 1979 году СФАИ был включен в качестве филиала в состав вновь организованного научно-исследовательского института "Атолл", специализирующегося на исследованиях с применением стационарных протяженных акустических антенн. Был построен лабораторно-производственный корпус площадью 5 тысяч квадратных метров, получены новые ЭВМ с большим быстродействием, военно-морским флотом переданы филиалу два современных научно-исследовательских судна "Вектор" и "Модуль". 

Задача метрологической аттестации гидроакустических систем и мест их установки весьма сложна и объемна, и для ее решения требуется наличие специальной техники и разработка соответствующей измерительной аппаратуры. Эти задачи сформулировал в 1978 году и возглавил их реализацию новый директор филиала Г. Н.Кузнецов. Учитывая важность метрологических аспектов при решении общих задач гидроакустического наблюдения, было принято решение об организации на базе Сухумского филиала самостоятельного научно-исследовательского института гидрофизических измерений - НИИ ГФИ. Был выполнен целый ряд научно-исследовательских работ, связанных с использованием стационарных акустических систем и разработан комплекс уникальных гидроакустических средств измерения и контроля различных характеристик водной среды и донного грунта.

Исследования, проведенные институтом совместно с родственными предприятиями, позволили решить ряд коренных задач создания гидроакустических корабельных, лодочных и стационарных комплексов, обеспечивая в Мировом океане паритет отечественного ВМФ СССР с флотом потенциального противника вплоть до девяностых годов прошлого века.

К этому времени Институт пришел с развитой производственной и экспериментальной базой, включающей парк измерительной электронной и океанологической техники.

После развала СССР, когда в составе ГИАНА остались всего два научно-исследовательских отдела, руководством республики была поставлена задача   ориентировать имеющийся научно-технический потенциал в интересах народного хозяйства Абхазии. Руководство Республики Абхазия, с учетом оставшихся научно-производственных мощностей, сочло возможным организовать на их базе Гидрофизический институт Академии наук Республики Абхазия. 
 
Институт экологии создан Постановлением АН Абхазии 25 января 2012 года на базе выделившихся из состава Гидрофизического института АНА Отдела гидрологического и метеорологического мониторинга и Отдела биоресурсов моря. Главной задачей института является проведение фундаментальных и прикладных исследований в области экологии, биологии, геоэкологии, геофизики, гидрофизики.

В программе учреждения Института экологии АНА изначальна была заложена многопрофильность, комплексность и взаимосвязь различных направлений исследований - от изучения климатических (физических, химических), гидрогеологических и биотических условий среды обитания до выявления закономерностей эффективного природопользования и прогноза устойчивого развития Республики Абхазия.

Основными направлениями деятельности Института являются:
– фундаментальные и прикладные исследования структурно-функциональной организации наземных и водных экологических систем в аспекте их трансформации;
– комплексные исследования состояния и использования водных ресурсов, и прилежащую акваторию Черного моря;
– экологический мониторинг, а также разработка рационального использования водных, земельных и биологических ресурсов в Республике Абхазия;
– разработка методов совершенствования и расширения системы особо охраняемых природных территорий Абхазии;
– мониторинг состояния окружающей среды в зонах интенсивной хозяйственной деятельности;
– изучение состояния биологических ресурсов Черного моря и выработка мер по организации устойчивого рыболовства;
– разработка гидроакустических методов измерения гидрофизических характеристик морской среды;
– анализ пространственно-временной изменчивости режима атмосферных осадков за вековой период;
– изучение современных динамических процессов морских и речных берегов;
– изучение биологического разнообразия Абхазии и сохранение редких и исчезающих видов;
– выявление опасных инвазивных организмов на территории Абхазии и разработка мер борьбы с ними;
– разработка методов биоиндикации с использованием афиллофороидных грибов для оценки состояния лесных экосистем;
 – разработка правовых вопросов экологии и охраны окружающей среды;
– инженерно-экологические и инженерно-гидрометеорологические изыскания на территории Абхазии.

Решением Президиума Академии наук Абхазии Институту экологии в 2016 году переданы лабораторные корпуса и коммуникации Гидрофизического института путем объединения институтов и исследовательских задач. Исследовательская работа в Институте осуществляется с использованием современных методов и новейших технических средств.

Решая задачи обеспечения экологической безопасности и рационального природопользования, Институт находится в постоянном контакте с Комитетом РА по экологии и охране природы, Министерством сельского хозяйства РА, Абхазским государственным центром экологического мониторинга Госкомэкологии РА.

ИЭАНА участвует в реализации семи совместных с Российской Академией наук проектов финансируемых РФФИ и сотрудничает также с ведущими региональными исследовательскими центрами (ЮНЦ РАН, АзНИИРХ).
  Список профильных научных учреждении и ведущих ученых РФ, с которыми ИЭАНА поддерживает научные связи:
1. Южное отделение Института Океанологии Российской Академии наук им. П.П.Ширшова – Касьян Р.Д. д.г.н., профессор, зав. лаборатории литодинамики и океанологии (г. Геленджик);                   
                 rkosyan@hotmail.com.
2. Институт Океанологии Российской Академии наук им. П.П.Ширшова    - директор Нигматулин Р.И. (г. Москва); info.ocean.ru
3. Федеральное государственное унитарное предприятие «Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии» - директор Макоедов А.Н.; vniro@vniro.ru
4. ФГАОУ ВПО Казанский (Приволжский) Федеральный университет – Мингазова Н.М. д.б.н., проф., зав. лаб. оптимизации водных экоситем, факультета географии и экологии; Нафиса Мингазова ,
                 nmingas@mail.ru
5. Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Азовский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства» - Мирзоян А.В. зам. директора по научной работе, к.б.н. (г.
                 Ростов-на-дону); riasfp@aaanet.ru
6. Институт географии РАН – Соломина О.Н., д.г.н., член-корр. РАН, зам. директора по науке; direct@igras.ru
7. Институт физики атмосферы РАН - Репина И.А., д.х.н., проф., зав. лаборатории; adm@omega.ifaran.ru
8. Институт космических исследований РАН – Лаврова О.Ю., д.ф.-м.н., проф., зав. лаборатории исследований земли космической радиолакации; Лебедев О.А., д.ф.-м.н., гл.н.с.; press@cosmos.ru
9. Институт земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн им. Пушкова Н.В. - Резников А.Е. д.х.н., профессор, зав. отделом; izmiran@izmiran.ru
10. Майкопский государственный технологический университет – Беданоков М.К., д.э.н., проф., декан инженерно-экономического факультета; info@mkgtu.ru

  Приоритетные направления тем научных исследований ИЭАНА: 
1. Гидробиология пресноводных экосистем;
2. Оценка рыбных запасов Черного моря;
3. Мониторинг береговых процессов речных русел и прибрежной зоны Черного моря;
4. Глобальные изменения климата и их локальные проявления в условиях Абхазии;
5. Дистанционные методы зондирования геосфер;
6. Изучение карстовых процессов на Кавказе.